Back

ⓘ Predviđanje strukture nukleinskih kiselina




                                     

ⓘ Predvidanje strukture nukleinskih kiselina

Predvidanje strukture nukleinskih kiselina je računarski metod odredivanja sekundarne i tercijarne strukture iz sekvence nukleinske kiseline. Sekundarna struktura se može predvideti iz jedne ili nekoliko sekvenci, dok se tercijarna struktura se može predvideti iz sekvence ili putem komparativnog modelovanja.

Problem predvidanja sekundarne strukture nukleinske kiseline je uglavnom zavistan od interakcija baznih parova i stekovanja baza. Mnogi molekuli imaju više mogućih tridimenzionih struktura, tako da je predvidanje tih struktura još uvek nije moguće, izuzev očevidnih sekvenci i onih koje su funkciono slične sa poznatom klasom nukleinskih kiselina, kao što su transfer RNK ili mikroRNK. Mnogi metodi za predvidanje sekundarne strukture se oslanjaju na varijacije dinamičkog programiranja i stoga imaju ograničen opseg primene.

Dok su metodi slični, postoje odredene razlike u pristupima za predvidanje strukture RNK i DNK. In vivo, DNK strukture su sklonije formiranju dupleksa sa punom komplementarnošću izmedu dva lanca, dok su RNK strukture sklonije formiranju kompleksnijih sekundarnih i tercijarnih struktura, poput struktura u ribozomima, splajsosomima, ili tRNK. Glavni razlog za to je prisustvo dodatnog kiseonika, koji omogućava RNK molekulu da formira dodatne vodonične veze sa osnovom nukleinske kiseline. Energetski parametri su isto tako različiti za dve nukleinske kiseline.

Users also searched:

...