Back

ⓘ Poravnavanje sekvenci




Poravnavanje sekvenci
                                     

ⓘ Poravnavanje sekvenci

U bioinformatici, poravnavanje sekvenci je način of rasporedivanja sekvenci DNK, RNK, ili proteina radi identifikacije sličnih regiona koji mogu da budu posledica funkcionih, strukturnih, ili evolucionih odnosa izmedu sekvenci. Poravnate sekvence nukleotida ili aminokiselina se tipično prikazuju kao redovi u matrici. Praznine se umeću izmedu ostataka tako da se identična ili slična slova poravnavaju u uzastopnim kolonama

Poravnavanje sekvenci se isto tako koristi za sekvence koje nisu biološke prirode, kao što su sekvence prisutne u prirodnim jezicima ili u financijskim podacima.

                                     

1. Interpretacija

Ako dve poravnate sekvence imaju zajedničkog pretka neslaganja se mogu interpretirati kao tačke mutacije, a praznine kao mutacije umetanja ili brisanja uvedene u jednu ili obe loze nakon njihove deobe. U poravnavanju sekvenci proteina, stepen sličnosti izmedu aminokiselina koje se javljaju u odredenoj poziciji sekvence se može interpretirati kao gruba mera konzervacije tog regiona ili motiva sekvence medu lozama. Odsustvo supstitucija, ili prisustvo samo veoma konzerviranih supstitucija drugim rečima, supstitucija aminokiselina čiji bočni lanci imaju slične biohemijske osobine u odredenom regionu sekvence, sugeriše da taj region ima strukturni ili funkcionalni značaj. Mada su DNK i RNK nukleotidne baze medusobno sličnije nego aminokiseline, konzervacija baznih parova indicira sličnu funkcionalnu ili strukturnu ulogu.

Users also searched:

...