Back

ⓘ Analiza sekvenci




                                     

ⓘ Analiza sekvenci

Analiza sekvence u biologiji podrazumeva izlaganje DNK ili peptidnih sekvenci poravnavanju sekvenci, pretragu baza podataka sekvenci, pretragu za ponovljenim sekvencama, ili primenu drugih bioinformatičkih metoda na računaru.

Od vremena razvoja metoda visokog-protoka proizvodnje gena i proteinskih sekvenci tokom 90-ih godina, stopa dodavanja novih sekvenci u bazama podataka se kontinuirano povećava. Zbirka sekvenci sama po sebi ne uvećava razumevanje biologije organizama. Medutim, poredenje sekvenci koje imaju poznate funkcije sa novim sekvencama je jedan od načina razumevanja biologije organizma iz kojeg dolazi nova sekvenca. Analiza sekvenci se može koristiti za dodelu funkcija gena i proteina putem studija sličnosti izmedu sekvenci. Danas postoje mnogi alati i tehnike koje omogućuju poredenje poravnanje sekvenci, kao i za analizu proizvoda poravnavanja u biološkom kontekstu.

                                     

1. Metodologija

Metodi za poravnavanje sekvenci se dele na metode za poravnavanje parova poravnavanje dve sekvence, i za višestruko poravnavanje sa više od dve sekvence. Postoje brojni alati za poravnavanje. Neki od njih su: ClustalW, PROBCONS, MUSCLE, MAFFT, DIALIGN, T-Coffee, POA, i MANGO.

Postoji više algoritama za studiranje poravnavanja sekvenci, np.: dinamičko programiranje, Skriveni Markovljev model, Viterbi and Greedy.

                                     

2. Literatura

  • Durbin, Richard 1998. Biological sequence analysis: probalistic models of proteins and nucleic acids. Cambridge, UK: Cambridge University Press.
  • Mount, David W. 2004. Bioinformatics: sequence and genome analysis. Plainview, N.Y: Cold Spring Harbor Laboratory Press.
                                     
  • sekvenciranih eukariotskih genoma Sekvenciranje Analiza sekvenci Alati za profajliranje sekvenci Motivi sekvenci UCSC genomski brauzer Birney E, Andrews TD
  • Poravnavanje višestrukih sekvenci je poravnavanje sekvenci tri ili više bioloških sekvenci generalno proteina, DNK, ili RNK. U mnogim slučajevima se
  • vrsta i radnog okruženja za prikupljanje i analizu podataka koje pruža mrežnu platformu za analizu sekvenci DNK. Od svog pokretanja 2005. godine, BOLD
  • toku. Konzervirane nekodirajuće sekvence često sadrže regulatorne regione, tako da su one često predmet tih analiza CAAT kutija CCAAT kutija Operator
  • се назива аминокиселинска секвенца Под примарном структуром протеина подразумева се, осим његове аминокиселинске секвенце и број полипептидних низова
  • sekvenci na specifičnim lokacijama genoma, moguće je kreirati genetički profil osobe. Veliki broj STR sekvenci ljudskog genoma je poznat. STR analiza
  • кратким секвенцама ДНК. Ове секвенце су саставни део наследне информације у једру, плазмидима, митохондријама и пластидима. Секвенцијална анализа ДНК је
  • биоинформатици дао је Елвин А. Кабат, који је започео са анализом биолошких секвенци 1970 са обимним издањима секвенци антитела које је објавио са Таи Те Вуом између
  • značenja. GCG glukagon je polipeptidni hormon koga luče α ćelije endokrinog dela pankreasa. GCG je program za analizu sekvenci Genetički kod za alanin
  • Molekulska dinamika Predvidanje proteinske strukture Poravnavanje sekvenci poredenje sekvenci uključujući BLAST Strukturno poravnavanje proteina Proteinska
  • analizom više od 4000 ljudskih sekvenci putem računarom vodenog skeniranja i analize slika za kvantitativnu analizu sekvenci u ljudskim tumorima creva i