Back

ⓘ GROMACS




                                     

ⓘ GROMACS

GROMACS je molekulsko dinamički simulacioni paket originalno razvijen na Groningenskom univerzitetu. On se u današnj vreme održava i proširuje i na drugim mestima, uključujući Upsalski univerzitet, Stokholmski univerzitet i Maks Plank institut za istraživanje polimera. GROMACS je softver otvorenog koda pod GNU generalnom javnom licencom

                                     

1. Istorija

GROMACS projekat je originalno započet da bi se konstruisao namenski paralelni računarski sistem za molekularne simulacije, koji jbe baziran na prsten strukturi. Izvorni kod specifičan za molekularnu dinamiku je preraden u C programskom jeziku iz Fortran77-baziranog programa GROMOS, koji je razvila ista grupa.

                                     

2. Osobine

Program je napisan za Juniks operativne sisteme, ali se on može koristiti na Microsoft Windows mašinama koristeći Cigvin engl. Cygwin Juniks sloj. Program može izvršavati na paralelnim mrežama računara koristeći MPI interfejs predavanja poruka.

GROMACS sadrži skript za konvertovanje molekulskih koordinata iz PDB fajla u formate koje program interno koristi. Nakon što je konfiguracioni fajl za simulaciju nekoliko molekula po mogućnosti uključujući rastvarač kreiran, izvršavane simulacija što je vremenski konzumirajući proces proizvodi fajl trajektorije koji opisuje kretanje atoma u toku vremena. Taj trajektorijski fajl se može analizirati ili prikazati brojnim alatima.

Mnogi specifični elementi su dodati u toku tranzicije GROMOS-a u GROMACS. Najznačajniji medu njima su:

  • Optimizovano rukovanje listom suseda putem smeštanja translacionih vektora ka najbližim susedima u periodičnom sistemu;
  • Specijalizovane rutine za računanje inverznog kvadratnog korena;
  • Korišćenje kubne splajn interpolacije iz tabeliranih vrednosti za evoluiranje sile/energije;
  • Računanje viriala u jednoj, umesto dve sume preko čestica;
  • Brza na-rešetki-zasnovana pretraga suseda
  • Upotreba multimedijskih 3DNow! i SSE instrukcija na Pentium III i viši, Athlon, Duron procesorima.
  • Generička reprezentacija svih mogućih tipova periodičnih kutija;

Visoko optimizovani kod čini GROMACS jednim of najbržih programa za molekulske simulacije. Dodatno, podrška za različita polja sila daje GROMACS-u veliku fleksibilnost.

                                     

3. Upotreba

  • EvoGrid je distribuirani računarski projekat sa fokusom na evoluciju veštačkog života, isto tako koristi GROMACS.
  • GROMACS je u znatnoj upotrebi u distribuiranom računarskom projektu Folding Home, gde je on korišćen ekstenzivno u simulacijama proteinskog uvijanja. Toj verziji programa je dodeljena non-GPL licenca.
                                     
  • svojstava i proširenjem CPU skale da obuhvati hiljade procesora. CHARMM GROMACS Grace alat za prikazivanje diagrama VMD Charm MDynaMix Yasara BOSS
  • čiste energije koji isto tako koristi CHARMM. AMBER Ascalaph Dizajner GROMACS Implementacija polja sila Lista softvera za molekularno mehaničko modelovanje
  • GPU MD AMBER Ascalaph Designer BOSS CHARMM COSMOS CytoSolve Ghemical GROMACS GROMOS Interna koordinatna mehanika ICM LAMMPS MacroModel MDynaMix NAMD
  • продужена Fireball ab - initio DL POLY класична GROMOS класична GROMACS класична LAMMPS класична, симулација паралелног посматрања са високом

Users also searched:

...