Back

ⓘ Sekvenciranje virusnih nukleinskih kiselina



                                     

ⓘ Sekvenciranje virusnih nukleinskih kiselina

Sekvenciranje virusnih nukleinskih kiselina jedna je od dijagnostičkih metoda u medicinskoj virusologiji koja se obično vrši neposredno posle amplifikacije produkta lančane reakcije polimeraze.

                                     

1. Namena u medicinskoj virusologiji

Sekvenciranje virusnih nukleinskih kiselina koja se koristi u medicinskoj virusologiji ima namenu za:

Genotipizacije virusa - odredivanja korelacije izmedu genetskih tipova s jedne strane i fenotipova virusa s druge strane. To je od značaja za imunoprofilaksu, terapiju i prognozu virusnih oboljenja.

Utvrdivanja filogenetskih odnosa - izmedu virusnih izolata radi epidemiološkog otkrivanja i praćenja izvora, rezervoara, puteva i načina širenja virusnih infekcija.

Funkcionalne karakterizacije odredenih virusnih sekvenci - što je od značaja u izučavanju patogeneze virusnih infekcija i sinteze antivirusnih lekova.

                                     

2. Primena

U dijagnostičkoj virusologiji glavna primena metode sekvenciranja virusnih nukleinskih kiselina je u ispitivanju rezistencije na antivirusne lekove koji se koriste u lečenju bolesnika sa HIV infekcijom.

                                     

3. Tehnika i testovi

Detekcija mutacija koje su odgovorne za pojavu rezistencije vrši se direktno iz plazme pacijenta.

Do danas je razvijeno više metoda odredivanja sekvenci DNK. Ranije je to bilo veliki i skup poduhvat, dok se modernim metodama sekvenciranje odvija skoro automatski. Dve najznačajnije metode DNK sekvenciranja su:

Frederik Sanger tehnika - koja elegantno koristi prirodni tok replikacije kao uzorak za sekvenciranje, i ona je još uvek dominantno prisutna.

Maksim-Gilbert tehnika - koja se u principu bazira na hemijskom razlaganju pojedinih baza, i u današnje vreme se rede koristi.

U novije vreme se pojavila metoda pirosekvenciranja, koja nudi mogućnost ubrzanog sekvenciranja putem visokoparalelne aktivnosti.

Trenutno dostupni komercijalni testovi danas se koriste za detekciju mutacija odgovornih za rezistenciju na anti-virusne lekove za humani citomegalovirus CMV, varičela zooster virus VZV, herpes simpleks virusa HSV, hepatitis C virus HCV i hepatitis B virus HBV.



                                     

4. Literatura

  • Rabenau, H.F., Kessler, H.H., Kortenbusch, M., Steinhorst, A., Raggam, R.B., Berger, A. 2007 Verification and validation of diagnostic laboratory tests in clinical virology. Journal of clinical virology, 402: 93-8
  • Krstić, L. 2000 Medicinska virusologija. Beograd: autor, drugo izdanje
Free and no ads
no need to download or install

Pino - logical board game which is based on tactics and strategy. In general this is a remix of chess, checkers and corners. The game develops imagination, concentration, teaches how to solve tasks, plan their own actions and of course to think logically. It does not matter how much pieces you have, the main thing is how they are placement!

online intellectual game →